Le clocher est le monument emblématique de Collioure. Au moyen-âge l'église n'existe pas encore et le clocher est un fanal qui indique l'entrée du port. En 1672 Vauban fait raser le village de Collioure ainsi que son église afin d'édifier les remparts du château. L'église est alors reconstruite adossée au phare qui en deviendra le clocher. En 1810, on lui rajoute enfin la coupole qui lui donne son aspect actuel.

Cette construction en 3 étapes est toujours visible de nos jours car les pierres sont de couleurs différentes.